प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज द्वारा DNA को काटने से DNA के खंड बनते हैं। इन खंडों को जेल वैद्युतकणसंचलन नामक तकनीक द्वारा पृथक किया जा सकता है। चूँकि DNA के खंड ऋणावेशित अणु होते हैं, उन्हें एक माध्यम/आधात्री के माध्यम से एक विद्युत क्षेत्र के तहत एनोड की ओर जाने के लिए बाध्य करके पृथक किया जा सकता है। सामान्यतः प्रयोग किया जाने वाला आधात्री एगरोज है जो समुद्री शैवालों से निकाला गया एक प्राकृतिक बहुलक है। एगारोज जेल द्वारा प्रदान किए गए चालनी प्रभाव के माध्यम से DNA के खंड उनके आकार के अनुसार पृथक हो जाते हैं। इस प्रकार, छोटे खंड एगारोज जेल में आगे बढ़ते हैं।

पृथक DNA खंडों को, एथिडियम ब्रोमाइड के साथ DNA को अभिरंजित करने के पश्चात UV विकिरण के संपर्क में आने के बाद ही देखा जा सकता है। DNA के चमकीले नारंगी रंग के बैंड देखे जा सकते हैं। DNA के पृथक बैंड को एगारोज जेल से काटकर जेल के खंड से निकाला जाता है। इस चरण को क्षालन के रूप में जाना जाता है। इस तरह से शुद्ध किए गए DNA खंडों को क्लोनन संवाहकों के साथ जोड़कर पुनर्योगज DNA के निर्माण में उपयोग किया जाता है।