प्रत्यक्ष क्षतिसुधार तथा क्षार उच्छेदन क्षतिसुधार के बीच का मूलभूत अंतर है

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प्रत्यक्ष क्षतिसुधार प्रतिस्थापना के बिना परिवर्तित न्यूक्लियोटाइड के मूल संरचना को बहाल करता हैं, जबकि क्षार उच्छेदन क्षतिसुधार में विकृत DNA अंश को निकाल दिया जाता हैं, सटीक क्षार को जोड़ा जाता हैं तथा पून: दृढ़ीकरण किया जाता है
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प्रत्यक्ष क्षतिसुधार में, समजात पुनर्योजन खंडित क्षेत्र का जीर्णोद्धार करता हैं जबकि क्षार उच्छेदन क्षतिसुधार परिवर्तित न्यूक्लियोटाइड के रुपान्तरण के द्वारा मूल संरचना को बहाल करता है 
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प्रत्यक्ष क्षातिसुधार समजात फर्मा के उपयोग के बिना असमजात सिर-जुड़ाव के द्वारा मूल संरचना को बहाल करता है जबकि क्षार उच्छेदन क्षतिसुधार में विकृत DNA अंश का जीर्णोद्धार समजात पुर्योजन के उपयोग से होता है
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प्रत्यक्ष क्षतिसुधार में, एक एक्सोन्यूक्लियोएज, एक DNA पातीमरेज तथा एक लाइगेज का उपयोग होता हैं, जबकि क्षार उच्छेदन क्षतिसुधार में कोशिका द्वारा एक पर-क्षति पातीमरेज जो कि बृहद क्षतियों की उपेक्षा करता है, उसका उपयोग किया जाता है

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