आम तौर पर अकार्बनिक यौगिकों की तुलना में कार्बनिक यौगिकों को शुद्ध करना अधिक कठिन होता है क्योंकि:
1
कार्बनिक यौगिकों में कम विलेयता होती है।
2
कार्बनिक यौगिकों के भौतिक स्थिरांक तथा उनमें उपस्थित अशुद्धियाँ एक दूसरे के निकट होती हैं।
3
वह अस्थिर हैं।
4
इनका गलनांक और क्वथनांक कम होता है।