शरीर के परिधीय ऊतकों में स्थित आणविक घड़ियाँ एक सुसंगत, पदानुक्रमित प्रणाली में एक 'मास्टर' घड़ी द्वारा व्यवस्थित होती हैं जो स्थित होती है:
1
पीनियल ग्रंथि में
2
एडेनोहाइपोफिसिस में
3
हाइपोफिसिस में
4
हाइपोथैलेमस के सुप्राचियास्मैटिक न्यूक्लियस (SCN) में