ब्रिटिश साम्राज्य की स्थापना के बाद ही ईसाई धर्म मणिपुर में आया और उन्नीसवीं सदी के उत्तरार्ध में इंफाल पहुंचा। 1836 में बर्मा में अमेरिकन बैपटिस्ट मिशन द्वारा मणिपुर में ईसाई मिशन स्थापित करने के प्रारंभिक असफल प्रयास के बावजूद, वास्तविक ईसाई मिशनरी कार्य 1894 में ही शुरू हुआ। राजनीतिक अस्थिरता के कारण संभवतः 1893 के अंत तक मणिपुर घाटी में मिशनरियों की उपस्थिति में बाधा उत्पन्न हुई। 14 सितम्बर 1762 को, वर्तमान मणिपुर के राजा भाग्यचन्द्र ने ब्रिटिश ईस्ट इंडिया कंपनी के साथ एक समझौते पर हस्ताक्षर किये। 1819 में, मणिपुरी राजा मरजीत को बर्मी सेना से हार का सामना करना पड़ा, जिसके कारण मणिपुरियों को आसपास की पहाड़ियों और पड़ोसी क्षेत्रों में शरण लेनी पड़ी। तबाही की इस सात साल की अवधि (1819-26) को स्थानीय तौर पर 'चाही तारेत खुंटाकपा' के नाम से जाना जाता है। अपने राज्य को पुनः प्राप्त करने और मणिपुर को बर्मी नियंत्रण से मुक्त कराने के लिए, महाराज गंभीर सिंह (1825-1834) ने ब्रिटिश ईस्ट इंडिया कंपनी से सहायता मांगी। उनकी सेनाओं ने ब्रिटिशों के साथ मिलकर बर्मी लोगों को चिन्दविन नदी के पार खदेड़ दिया, जो प्रथम आंग्ल-बर्मी युद्ध के रूप में जाना गया। यंडाबू की संधि (1826) ने मणिपुर को बर्मी शासन से मुक्ति दिलाई, जिसके तहत राजा गंभीर सिंह ने 1835 में मणिपुर में ब्रिटिश राजनीतिक एजेंट के कार्यालय की स्थापना पर सहमति व्यक्त की। आंतरिक संघर्षों का लाभ उठाते हुए और 'फूट डालो और राज करो' की नीति अपनाते हुए, अंग्रेजों ने मूल निवासियों के सामाजिक-राजनीतिक मामलों में हस्तक्षेप करना शुरू कर दिया।​ उन्होंने मणिपुरी राजकुमारों के बीच सिंहासन को लेकर राजनीतिक प्रतिद्वंद्विता का लाभ उठाया, जिसकी परिणति 1891 के एंग्लो-मणिपुर युद्ध में हुई, जिसके बाद मणिपुर ब्रिटिश उपनिवेश बन गया। केवल कुछ दशकों के बाद, उपनिवेशवाद विरोधी लामबंदी की एक श्रृंखला उभरी, जिसमें 1904 में नुपीलाल अहानबा (प्रथम महिला युद्ध), कुकी विद्रोह (1917-1919) और ज़ेलियानग्रोंग आंदोलन शामिल थे। हालाँकि, अंग्रेजों ने इस प्रतिरोध को प्रभावी ढंग से प्रबंधित किया और 1947 में भारत की स्वतंत्रता तक मणिपुर पर नियंत्रण बनाए रखा।