भारत में उच्च शिक्षा गुणवत्ता, समता, पहुंच और प्रासंगिकता को प्रभावित करने वाली कई चुनौतियों का सामना करती है। निम्न सकल नामांकन अनुपात (GER) प्रमुख चुनौतियों में से एक है। 2019-20 में भारत का GER 27.1 प्रतिशत वैश्विक औसत 38 प्रतिशत से कम है और विकसित देशों की तुलना में बहुत कम है। यह राज्यों, लिंग और सामाजिक समूहों में व्यापक रूप से भिन्न होता है।
कई उच्च शिक्षा संस्थान, विशेष रूप से जो सार्वजनिक क्षेत्र द्वारा संचालित हैं, अपर्याप्त भौतिक सुविधाओं, पुराने उपकरणों, अपर्याप्त पुस्तकालय और प्रयोगशाला संसाधनों और इंटरनेट कनेक्टिविटी की कमी से पीड़ित हैं। इसके अलावा, कई संस्थानों में योग्य और सक्षम संकाय सदस्यों की कमी है, जिसके कारण छात्र-शिक्षक अनुपात अधिक और शैक्षणिक मानक कम हैं। अनुसंधान आउटपुट की गुणवत्ता और मात्रा भी अन्य देशों की तुलना में कम है, जैसा कि भारतीय प्रकाशनों के कम उद्धरण प्रभाव और नवाचार सूचकांक से परिलक्षित होता है।
उच्च शिक्षा प्रणाली के सामने स्वायत्तता और उत्तरदायित्व का अभाव एक बड़ी चुनौती है। उच्च शिक्षा संस्थान अक्सर विभिन्न प्राधिकरणों द्वारा अत्यधिक विनियमन और हस्तक्षेप के अधीन होते हैं, जो उनकी शैक्षणिक स्वतंत्रता और नवाचार को बाधित करता है। शासन, वित्त पोषण, मान्यता और संस्थानों के मूल्यांकन में पारदर्शिता और उत्तरदायित्व का भी अभाव है। इसके अलावा, भारत में अंतरराष्ट्रीय छात्रों और संकाय की कम हिस्सेदारी है और वैश्विक रैंकिंग और नेटवर्क में कम भागीदारी है। कई संस्थानों के पाठ्यक्रम और शिक्षाशास्त्र, नियोक्ताओं और समाज की बदलती जरूरतों और अपेक्षाओं के अनुरूप नहीं हैं, जिसके परिणामस्वरूप कौशल अंतर और स्नातकों की रोजगार क्षमता कम है।